SMP Kanisius Temanggung berdiri pada tanggal 1 Agustus 1954 dengan Kepala sekolah pada saat itu adalah Bapak Adi Sudarsono, sebagai kelanjutan dari sekolah rakyat yang telah berdiri lebih dahulu, sampai tahun 1960.

Pada tahun 1960 kepala sekolah diganti oleh Ibu Kweek Liok Nio sampai tahun 1962 dan kemudian pada tahun itu juga kepala sekolah diganti oleh Bapak Robertus Sugiyarto sampai tahun 1995. Pada saat itu siswa mencapai 12 kelas kurang lebih 486 siswa dikurun waktu tahun 1982 sampai dengan 1992, selanjutnya tahun 1993 mulai turun sedikit-sedikit.

Pada tahun 1995/1996 kepala sekolah diganti oleh Bapak YB.Sumoko sampai tahun 2005/2006 dan jumlah siswa mengalami kemunduran sekitar 120 siswa. pada tahun 2005/2006 kepala sekolah digantikan oleh Bapak Y.Hartanto,S.Pd sampai tahun 2016. Sejak 1 April 2016 sampai 1 Juni 2016 yang menjabat Plt. Kepala Sekolah adalah Bapak C. Susilo, kemudian sejak 14 Maret 2016 sampai 1 Mei 2020 dijabat oleh Ibu Tria Wahyuni, sekarang Kepala Sekolah dijabat oleh Ibu  Krecentia Adhi Arsanti, S.Pd.