Tujuan SMP Kanisius Temanggung:

1. Menghasilkan Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan yang berstandar nasional.
2. Menetapkan mata pelajaran mulok sebagai pembekalan  pengembangan life skill siswa.
3. Terwujudnya administrasi kurikulum yang berstandar nasional untuk semua mata pelajaran.
4. Menghasilkan tenaga  pendidik dan kependidikan yang profesional.
5. Menghasilkan sarana, media, dan sumber belajar untuk pembelajaran yang memadai dan relevan dalam mendukung PBM.
6. Menghasilkan prasarana pendidikan yang memadai dan relevan dalam mendukung PBM.
7. Menghasilkan mutu lulusan, dari rata-rata 6,25 menjadi 6,50 standar kelulusan
8. Menghasilkan  prestasi akademik 3 besar tingkat Kabupaten.
9. Menghasilkan prestasi nonakademik dalam lomba rata-rata 3 besar tingkat Kabupaten dan tingkat propinsi.
10. Menghasilkan sistem penilaian beragam (multiaspek) untuk semua mata pelajaran dan semua jenjang kelas.
11. Menghasilkan budaya tertib, aman, sejuk, rindang dan indah dalam lingkungan sekolah
12. Mewujudkan lulusan yang berkualitas, beriman, dan dapat bersaing.

Sasaran SMP Kanisius Temanggung:

1. Aspek pengembangan kurikulum dan sistem pengujian.
2. Aspek pembinaan pembelajaran PAIKEM dan penggunaan multimedia.
3. Aspek pengembangan kemudahan/sarana.
4. Aspek pengembangan kompetensi tenaga pendidik dan kependidikan.
5. Aspek pengembangan prestasi, bakat dan minat peserta didik.
6. Aspek pengembangan sekolah sehat, berwawasan lingkungan dan agamais.
7. Aspek pengembangan komite dan kemitraan strategis.